Tout commence dans les années 1980, lorsqu'Alain Labet et son épouse décident de produire leurs propres vins près du village de Rotalier, dans le sud du Jura. Le domaine se trouve à deux pas de deux autres producteurs emblématiques de la région, à savoir le Domaine Jean-François Ganevat et le Domaine des Miroirs. En 1997, le relais est passé à leur fils aîné Julien, qui a acquis son expérience dans la prestigieuse cave Ramonet en Bourgogne. Les deux autres enfants d'Alain ont depuis rejoint l'entreprise. Charline, œnologue diplômée, a travaillé au Chili et son frère Romain s'occupe de la gestion des vignobles.
Le chardonnay est le principal cépage du domaine Labet. Des cépages autochtones tels que le trousseau, le savagnin et le poulsard sont également présents dans le vignoble. Dans les premières années, les vins étaient principalement produits dans un style classique, mais aujourd'hui, le caractère est beaucoup plus naturel. La cave est donc entièrement biologique et certaines parcelles sont travaillées selon des méthodes biodynamiques. L'une des particularités du domaine Labet est qu'il possède un très vieux vignoble de chardonnay en production. Certaines vignes ont jusqu'à 100 ans !
Lorsque Julien est revenu de Bourgogne, il a eu beaucoup de nouvelles idées. Par exemple, il a suggéré d'utiliser du vieux bois plutôt que des barriques neuves. Il a également eu l'idée de travailler de manière plus naturelle et de réduire au maximum les niveaux de sulfites. Dans un premier temps, Alain a dû s'habituer à la nouvelle vision de son fils et a décidé de donner à Julien quelques hectares pour qu'il puisse faire ce qu'il voulait. Ces hectares sont connus sous le nom de Parcelles Rares. Julien a néanmoins réussi à convaincre son père et les nouvelles méthodes ont été introduites. Les vins sont fermentés et élevés dans de vieux demi-muids bourguignons (600 litres) et dans des foudres (min. 1000 litres). L'élevage dure en moyenne de 18 à 36 mois. Le Domaine Labet produit de nombreuses cuvées et vins jaunes différents, dont La Reine, Métis, Champs Rouges et La Bardette. Ces vins sont très populaires et donc difficiles à trouver. Les meilleurs millésimes du Domaine Labet sont : 2007 et 2009.